در حکومت جهانى حضرت مهدى (ع)، حقوق تمام اقلیت‌ها به‌طور کامل مراعات خواهد شد. اهل کتاب و کسانى که شبهه کتاب دارند، خواهند توانست با انعقاد پیمان ذمّه و کسب تابعیت، در قلمرو حکومت اسلامى آزادانه زندگى کنند و از حقوق انسانى خود بهره‌مند گردند. ابو بصیر طى سؤالات گوناگونى از امام صادق (ع) پرسید: امام زمان (ع) با اهل ذمّه چه خواهد کرد؟ فرمود: "مانند پیامبر اکرم (ص) با آنان پیمان مى‌بندد. انان هم با کمال خضوع، با دست خودشان جزیه مى‌پردازند"[۱]. امام باقر (ع) فرمود: "وقتى که قائم اهل بیت قیام کرد، تورات و سایر کتاب‌هاى آسمانى را از غارى که در انطاکیه واقع شده، استخراج مى‌نماید. بین اهل تورات با تورات، بین اهل انجیل با انجیل، بین اهل زبور با زبور و بین اهل قرآن با قرآن قضاوت خواهد کرد"[۲].
بدین‌ترتیب اهل ذمّه در دولت مهدى، از نظر قضایى کاملا آزاد خواهند بود و در منازعات و اختلافات مخصوص خود، خواهند توانست به دادگاه‌هاى خود مراجعه کنند و اگر خودشان دادگاه ویژه نداشته باشند و یا با افراد مسلمان اختلاف و نزاعى پیدا کردند، با کمال اطمینان به حاکم مسلمین مراجعه نمایند. همین خوش‌رفتارى و مسالمت مسلمانان با اقلیت‌هاى مذهبى در دولت مهدى، سبب خواهد شد که اقلیت‌هاى مذهبى، به خصوص یهود و نصارى تا پایان در جهان خواهند ماند. ظاهر آیاتى از قرآن ﴿وَمِنَ الَّذِينَ قَالُواْ إِنَّا نَصَارَى...﴾[۳] و ﴿وَقَالَتِ الْيَهُودُ يَدُ اللَّهِ مَغْلُولَةٌ. . . ﴾[۴] دلالت دارند که آیین یهود و نصارى تا قیامت و در عصر دولت مهدى (ع) نیز باقى خواهد ماند، و لکن در مقابل این آیات و روایات، احادیث دیگرى هم وجود دارد که دلالت مى‌کنند که در دولت مهدى (ع) غیر از مسلمانان، احدى روى زمین باقى نخواهد ماند. آن حضرت دین اسلام را بر اهل کتاب، عرضه مى‌دارد و اگر نپذیرفتند، کشته مى‌شوند[۵]. و چون این روایات، علاوه بر ضعف سند، مخالف قرآن و سیره پیامبر اکرم (ص) و اصول مسلّم اسلام است، از درجه اعتبار ساقط مى‌باشد[۶]. پس اقلیت‌هاى مذهبى در عصر حضرت مهدى (ع) باقى خواهند ماند و شرائط ذمّه را خواهند پذیرفت و تحت الحمایه حکومت اسلامى، آزادانه زندگى خواهند کرد. دولت‌هاى باطل همه سقوط مى‌کنند و همه قدرت و حکومت جهان، به دست مسلمانان مى‌افتد و دین اسلام، بر تمام ادیان غالب مى‌گردد و بانگ توحید از همه‌جا بلند مى‌شود[۷][۸].
این مدخل زیرشاخهٔ بحث امام مهدی است. امام مهدی از چند منظر متفاوت، بررسی می‌شود: امام مهدی در قرآن - امام مهدی در حدیث - امام مهدی در کلام اسلامی - پرسش‌های مرتبط