"نفس" در مراحل ابتدایی خود و به دلیل نزدیکی و همسوییای که با طبیعتبدن دارد، خود نوعی طبیعت است، یعنی احکامطبیعت (طول و عرض و عمق) را داراست. این همان است که به آن "بدن مثالی" یا "برزخی" میگوییم. واقعاً بدن برزخی مشابه این بدن است. در این مرحله، نفس واقعاً از مراتب این بدن است. آن بدن و آن طبیعت جزء جوهر نفس است و از نفس جداشدنی نیست. این طبیعت که در مراحل اول برای نفس ماده بوده است، در مراحل آخر که این تبدلات پیدا میشود، تدریجاً به صورت امری عارضی برای نفس در میآید؛ زیرا بدن در یک حال باقی نیست و دائماً در حال تغییر است؛ یعنی بدن در مراحل بعد حکم فضولات بدن، مانند مو و ناخن را پیدا میکند که در اصل جزء بدن بودهاند، یا مانند چرکها که در اصل همان پوست است که سلولهای زندهای بودند، ولی بعدها به صورت امور زاید در میآیند. اینها در یک مرحله جزء بدن و ماده نفس و با آن متحد بودند؛ ولی در مراحل بعد به صورت فضولات در میآیند. ایشان میگویند این بدن طبیعی که از عناصر تشکیل شده است، تدریجاً به صورت امری در میآید که از جنبه ارتباط با نفس، حکم فضولات را پیدا میکند، یعنی جداشدنش از نفس، مثل جدا شدن فضولات دیگر است که جدا شدنشان در عین این است که بدن موجود میباشد[۱].
ملاصدرامعتقد است: "نفس دارای دو طبیعت است و این دو با هم به نوعی اختلاف عددی دارند. از این دو طبیعت، یکی با میل خود مقهور نفس است و در آن هیچ جنبه اکراه وجود ندارد؛ چون منبعث از ذات نفس است؛ یعنی قوهای است که از ذات نفس جوشیده و به وجود آمده است و جزء نفس است، در عین اینکه طبیعت است". طبیعت دیگری هست که اطاعت آن از نفس، از روی اکراه است؛ یعنی همان حالت نیمه اکراه و نیمه اجبار. در حقیقت، امری است که مسخر بودن آن به واسطه اتصال با نفس است و مادام که این اتصال محفوظ است، چون وحدت ذاتی با نفس دارد؛ مطیع است. هرگاه این اتصال برداشته شود، فوراً به حالت اولیه برمیگردد[۲].
این مطلب، بنا بر همان مبنای حرکت جوهریه میباشد؛ یعنی ایشان به دلیل قائل بودن به حرکت جوهریه، قائل به دو طبیعت است؛ مثلاً در ابتدا جنین انسان، یک طبیعت محض است، مثل همه طبایع عادی عالم که یک مرکب صددرصد طبیعی است، ولی تدریجاً، صورت و قوه جوهری همان طبیعت، تکامل پیدا میکند. در واقع، به مرور زمان از همین طبیعت که برای نفس به منزله ماده است، نفس پیدا میشود و تکامل پیدا میکند. به این معنی که این مرتبهای که مرتبه اول نفس است و خود آن برای مرتبه طبیعی صورت است، در مراتب بعد برای مراتب عالیتر نفس، ماده میشود. طبیعت، آنجا که به نفس متحول میشود (نفس به عقیده ایشان جسمانی الحدوث و روحانی البقاست)، این چنین نیست که یک امر مادی محض و یک امر مجرد مجرد وجود داشته باشد، بلکه یک واقعیت متصل است و به یک معنی، مادی و مجرد با هم مخلوط هستند؛ یعنی مراتب یک شیء تدریجاً از مادیت به تجرد میرسد[۳][۴].